优点：
分离程度高：短程分子蒸馏能够分离常规不易分开的物质，特别适用于高沸点、热敏性及易氧化物系的分离。
无沸腾鼓泡现象：由于在低压力下进行，液体中无溶解的空气，因此在蒸馏过程中不能使整个液体沸腾，没有鼓泡现象。
保护热敏物料：蒸馏温度低于物料的沸点、蒸馏压强低、受热时间短、分离程度高等特点，能大大降低高沸点物料和热敏性物料的分离技术难度，极好地保护了热敏物料的特点品质。
有效去除杂质：可有效去除有机溶剂、气味和其他液体中的物质，是溶剂萃取后液体去溶剂化的非常有效的方法。
多级分离能力：产品可蒸发除去其他杂质，多级分离可同时分离两种以上物质。
缺点：
设备价格高：分子蒸馏设备价格相对于传统蒸馏设备较高。
高真空度要求：装置必须保证体系压力达到的高真空度，对材料密封要求较高。
加工难度大：蒸发面和冷凝面之间的距离要适中，造成设备加工难度较大，成本造价高
